Seit ihrer Unabhängigkeit Anfang der neunziger Jahre und insbesondere nach dem Beitritt zur Europäischen Union per 1. Mai 2004 haben sich Estland, Lettland und Litauen sehr schnell entwickelt und wiesen über lange Jahre hinweg gute Wachstumsraten aus. Zugleich fand auf universitärer Ebene im Zuge der Bologna-Reform eine starke Integration in den europäischen Hochschulraum statt, die es vielen Studierenden und Postgraduierten erlaubt, für eine gewisse Zeit im Ausland zu studieren und zu forschen. Zudem werden infolge der Bereitstellung des Erweiterungsbeitrages der Schweiz für die neuen EU-Staaten, der sogenannten «Ostmilliarde» (Kohäsionsfonds), seit 2008 auch Projekte im Bildungssektor durch die Schweizer Eidgenossenschaft gefördert. Aufgrund dieser positiven Entwicklungen veränderten sich die Fördervoraussetzungen für das Swiss Baltic Net seit dessen Einrichtung 1998/99 stark. Das Programm wurde daher zum Ende des Jahres 2008 eingestellt, wobei einige Aktivitäten noch bis ins Jahr 2010 in einem Outphasing begleitet wurden.
Das Swiss Baltic Net lebt heute unabhängig von der Gebert Rüf Stiftung als schweizerisch-baltische Plattform weiter.