Das Stiftungsvermögen der Gebert Rüf Stiftung wird gemäss einer periodisch optimierten Anlagestrategie bewirtschaftet, die auf ein langfristiges Renditeziel von rund 3 % p.a. ausgerichtet ist. Das Stiftungsvermögen unterliegt einem langsamen Kapitalverzehr, da konstante Mittelabflüsse infolge der Stiftungstätigkeit von max. CHF 15 Mio. pro Jahr stattfinden.
Nach dem Prinzip des Asset Poolings wird in passive, indexnahe Fondsanlagen investiert, die aufgrund ihrer Grösse entsprechend günstige Gebühren anbieten können. Gegenüber einer aktiven Umsetzung führt dies zu tieferen Gebühren und der Gewährleistung, dass ungefähr die Marktrendite erreicht wird. Aktive Anlagen werden nur verwendet, wenn in einer Anlagekategorie keine geeigneten passiven Produkte zur Verfügung stehen. Eine Ausnahme bildet hier das dank einer Zustiftung erhaltene Aktienportfolio bei einer separaten Depotbank sowie das «Mission-Based Investment» in den kickfund.